開辟生命學科新領域 另辟蹊徑 　　交大生物醫學工程與儀器專業創建不久，到1981年，已在國內大學中很有影響。但是黨委書記鄧旭初、校長范緒箕、副校長張壽等認為，“交大光搞生物醫學工程不夠，要搞生物科學技術，這方面國外發展得很快”，學校再次把這個任務交給朱章玉，他接受了學校的這個使命。1981年12月，學校在精密儀器系設立生物技術研究室（84研究室），他任研究室負責人，帶領5名教師，用范緒箕校長的校長基金10萬元起家，致力于生命學科探索和實踐。 　　1981年底，教育部在圓明園舉辦“全國生態學教學講習班”，由全國最著名的一批生態學教授和學者輪流講課。朱章玉認為這對自己辦生命科學專業十分有用，他通過教育部主管部門爭取了一個名額，從頭到尾參加了聽講。主講的馬世俊、陽含熙、孫儒泳、周紀倫、宋永昌、陳昌騫等都有講義發給學員，內容系統又前沿。朱章玉是學員中唯一學工科的中年教師，很不起眼。但是專家講課他都認真聽，力求理解，因此也學習得特別投入，收獲很大。結業時，領導指定他做了一個專門發言，他講了自己學習的體會，并呼吁：“生態學要在行動中顯示力量”。他認為“不僅要重視理論研究，特別要進行應用研究，只有取得應用研究的成果，才能打開局面”。對此，許多專家連連稱贊。學習班結束后，他又買了許多生態學方面的教材，查閱了國際上該學科一些最新發展動態，特別是系統閱讀了《羅馬俱樂部報告》和美國著名生態學家E.P.Odum最新提出的生態系統理論，大開眼界，并確認自己原有的自動控制和系統論背景，完全可以從現代生態學入手，逐步進入生命科學和技術領域。覺得交大生命學科的建設和發展，完全可以走出一條新路，他信心大增。. 　　從北京“講習班”回校不久，遼寧省環保局副局長兼省環保研究所所長蔡銘昆，知道交大在辦生命科學專業，于是提出與交大一起開展“模擬生物圈建立新型的生產和環境系統”合作研究，并和朱章玉一起參加“國際人與生物圈計劃”中國委員會的相關會議，讓朱再次與馬世俊、陽含熙等著名生態學家進行對話、交流。在請教許多專家和經過調查論證，朱章玉決定走自己的路，充分發揮交大原有專業的特長，在“生態工程”研究方向上開辟一個新領域。 　　1982年底，學校派他一人到美國考察、訪問，他在兩周時間內，到6個城市訪問了3所大學、4家公司，參觀了11個實驗室，與48位同行進行了比較深入的探討，收集了幾十份科技文獻資料?；貒?，整理了兩萬字的《赴美考察學習報告》，并經過學校推薦發表在教育部的《國際學術交流》上，廣受好評。在這個報告中，他明確提出了這樣的觀點：“中國不能重復發達國家大能源農業的路，而要走一條符合國情的生態農業之路。即從傳統農業的現狀出發，吸收現代科學技術成果，使人與自然環境、社會、經濟協調發展的生態農業新路”。他在報告中描寫他對美國的印象是：它是富有的，但也是浪費最嚴重的；美國人物質生活水準是很高的，但精神境界多半是空虛的；自由競爭和金錢刺激帶來了高效率，科學技術確有許多長處，但亦有短處，而且存在一些難以克服的矛盾。他從中美兩國經濟社會發展對比中，看到了自己從事“生態工程”的光明前景。 　　回國不久，他獲得學科發展一個新的契機。兼任校務委員會主任的王震副總理要交大幫助江西紅星農場建設奶牛場的沼氣工程。學校把這項任務交給朱章玉去解決，這等于下了“軍令狀”。朱章玉預見到這個項目與自己搞的“生態工程”有密切關系，欣然接受。但他感到過去沒有搞過，不能貿然從事，要求學校允許他在上海選一個奶牛場先做半年試驗研究，學校同意了。于是，他立即調配精兵強將，制定了實驗室試驗計劃，到上海市郊農場考察，選中和紅星農場類似，有750頭奶牛的崇明東風農場，作為生態工程綜合實驗基地。在實驗室實驗的基礎上，以牛糞為原料，建立了高效沼氣集中供氣系統，提出了一套全新的“近中溫發酵工藝”，實現了該農場幾千戶居民家長年24小時穩定供氣?！敖袦匕l酵工藝”成果申報了國家第一批發明專利。連續10多年都保證了農場居民清潔高效的生活用氣。沼氣的料渣可以用作飼料和有機肥料。還將生物飼料加工、光合細菌應用、土地漫流凈化有機廢水等技術綜合應用，有效地解決了奶牛場的能源、環境和資源問題。聯合國教科文組織駐華代表泰勒博士專程考察了這個實驗基地，并給以極高的評價，他認為，這項實驗研究的規模和內容達到了世界先進水平，對世界農業和畜牧業的發展提供了一種新的模式和途徑。該課題獲得1988年上海市科技進步二等獎和農業部重大科技成果獎。在進行這項實驗研究中，朱章玉和他的同事們費盡了艱辛，當時去崇明島的交通靠乘船過長江，為了持續進行實驗，他們每周兩次往返崇明島，為了節約費用，住農場簡陋的招待所，冬天寒風刺骨，夏天汗流浹背。有時邊吃饅頭、包子邊趕路。有一次沼氣池進料泵被草卡住，朱章玉毅然跳進牛糞調節池用手清理。他們用艱辛和智慧實現了預定目標。 　　上海東風農場的實驗研究成功后，他即將相關技術轉移到江西紅星農場，同樣取得了很好的效果。紅星農場領導向王震同志匯報，王老聽后非常滿意。1985年12月8日，王震同志在上海西郊賓館接見支援新疆和紅星農場的交大領導和教師時，特意和朱章玉談了紅星農場尚未解決的許多問題。他似乎成了接見會議的主角。此后，王震又在北京自己家里約見了朱章玉和同事，與朱長談了4個多小時的農業問題。王震同志給他很高的禮遇。